1. 휴면법인 중과세 배경

수도권 내에서 휴면(休眠)법인을 인수하는 경우 새로운 법인의 설립과 동일하게 보아 취득세 및 등록면허세를 중과세하는데, 중과 범위가 일반 신설법인과 다르고, 적용시점이 모호한 점이 있었다. 중과제도는 주주가 아닌 법인 자체에 대한 과세임에도, 휴면법인 인수관련 과점주주 비율만큼만 중과하는 것은 입법취지(중과세 회피 차단)나 과세체계에 맞지 않는 측면이 있고, 과점주주 지분 비율 기준으로 과세할 경우 휴면법인 인수 후 지분비율이 변동할 경우 중과적용 시점에 대한 혼선*도 발생하였다. 대도시 중과를 피하기 위하여 기존법인(사실상 폐업법인)을 인수하는 사례가 빈번하였다 이에 대한 과세관청에서 법인설립 후 5년이 경과된 휴면법인 인수에 대해 실질적으로 인수시점을 새로운 설립으로 보아 구 등록세 중과세를 적용하였는데 이에 대해 대법원은 다음과 같은 이유로 중과 대상이 아니라고 판단하였다.

헌법 제38조는 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다고 규정하고, 제59조는 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다 고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있는바, 이러한 조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미한다.(대법원 98두11731,2000.3.

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또한 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이고(대법원 2000두963,2001.8.21.), 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 한다(대법원 98두14082,1999.11.9.), 휴면법인을 제3자가 인수 한후 법인의 임원, 자본, 목적사업 등을 변경하였다 하여 그 휴면법인의 인수를  법인의 설립으로 보아 중과세 할 수 없다.(2007두26629)