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세무 자문집

비영리법인 출연기부금에 대한 처리

학교법인의 출연기부금에 대하여 문의하고자 한다.
지금까지 학교법인에 출연하는 기업들의 기부금에 대해서는 모두 출연자금신고를 교육부에 해오고 별도의 세금계산서는 발행하고 있지 아니하였다. 그러다가 세무서의 지적에 따라 대가성(출연기업에 대하여 연구보고서 제출 등의 용역을 수행하는 경우)이 있는 출연기부금에 대해서는 세금계산서를 발행하도록 한다.
이 경우에 세금계산서를 발행하는 부분에 대하여는 중복하여 출연기부금 신고를 하지 아니하여도 되는지?

학교법인이 출연법인으로 지급받은 금액이 연구보고서의 제출등 용역을 제공하고 받는 대가성으로 간주되는 경우 법인세법상 수익사업에 해당되며, 용역을 공급시 세금계산서 또는 계산서를 발행하여야 한다(법인세법 시행령 제2조 제1항 제2호,동법 법 제121조).

* 재법인46012-121, 2002.7.2

정부출연연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률 등에 의하여 설립된 정부출연연구기관이 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제2조 제1호의 규정에 의한 국가 연구개발사업을 국가와 협약을 맺어 수행하면서 동 연구개발비를 국가로부터 출연금의 형태로 지급 받는 경우는 법인세법시행령 제2조 제1항 제2호 괄호에서 규정하
는 “계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업”의 범위에 포함되지 아니하여 수익사업에 해당하지 아니함.

* 서이46012-11507, 2003.8.19

비영리법인이 국가연수개발사업의 관리 등에 관한 규정에 의하여 연구개발비용을 용역제공 등에 대한 대가관계없이 국가로부터 출연금의 형태로 지급받는 경우, ‘계산서 교부 대상거래’에 해당하지 않음

당사의 경우 과세관청이 출연금을 대가성 있는 것으로 간주하였으므로, 동 출연금은 고유목적사업(비수익사업)이 아닌 수익사업에 해당될 것으로 판단되며 법인세법상 과세소득이 되어 납세의무가 발생한다.

귀사의 질의는 대가성있는 출연금이 교육부에 출연자금신고대상이 되는지 여부이므로 이와 관련된 사항은 관련법규정 및 관계부서(교육부)에 질의하기 바란다.

다만, 대가성있는 출연금을 지급한 기업들은 동출연금을 기부금으로 신고하는 경우 과세관청을 기부금으로 간주하지 않을 것으로 판단된다.


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