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세무 자문집

합병 법인의 부가세 신고 방법

대표이사 명의가 같은 A회사(경기도 시흥소재)와 B회사(창원소재)가 있는데 10/20일부로 B회사가 A회사를 흡수합병하면서 법인명의는 A회사로 변경했고 사업장 주소도 A회사가 있던 곳으로 옮겼다. 그리고 B회사가 있던 자리는 지점사업자등록을 신규 교부받았다.(개업연월 10/20일, 등록증교부 10/26일)
10월 1일 ~ 10월 20일까지의 부가세와 10월 21일 이후의 부가세를 합산하여 지점사업자 등록번호로 신고해도 문제가 없는지 여부 및 방법을 알고 싶다.
- 본점에서 부가세 총괄 납부신고를 했을때
- 10/1일 ~ 10/20일까지 세금계산서 발급 및 수취는 본점 사업자번호로 되어 있다.

사실관계가 불명확하여 정확한 답변은 드릴 수 없으나, 질의한 내용상으로 보아 두 회사의 합병등기일은 10월 20일이므로 합병으로 인한 소멸법인의 최종과세기간은 [부가법 제3조 3항]의 규정에 의하여 그 과세기간의 개시일부터 합병등기를 한 날까지이다[부가세 통칙 3-0-1]. 이러한 소멸법인의 최종과세기간분에 대한 확정신고는 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인이 소멸법인을 당해 과세기간의 납세의무자로 하여 소멸법인의 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다[부가세 통칙 19-65-1].

A법인과 B법인의 합병등기일 이전에 발행한 세금계산서는 B법인의 폐업일이 10월 20일이므로 지점설립 전의 B법인의 명의로 발행해야 하고, 20일간 발생한 부가가치세 신고는 A법인이 B법인을 납세의무자로 하여 신고해야 한다. 따라서 20일간 발생한 세금계산서 수취와 납부를 본점 사업자 번호로 한 것은 잘못된 것으로 보인다.

또한 21일 이후 B사업장에 대한 부가세 신고의 경우는 사업자에게 2개 이상의 사업장이 있는 경우 주된 사업장관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻을 때 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있으나, 이는 납부에 국한되는 것이며 세금계산서 발행 및 수취, 예정신고, 확정신고, 조기환급신고 등은 각 사업장별로 해야 한다. 부가세법 제3조의 규정에 의하여 지점 등록을 한 B회사의 사업연도개시일은 10월 20일이므로 원칙적으로 세금계산서의 수취와 교부, 신고 등 납부 이외의 것은 모두 새로이 설립된 B지점의 명의로 해야 하며, 납부만 A 사업장과 총괄하여 할 수 있는 것이다.


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